Sotto il comando di Isabella d’Aragona e di Bona Sforza, due donne intraprendenti e lungimiranti, Bari visse un periodo di riforme strutturale e sociali, segno di eccezionale apertura mentale delle due sovrane.

Giunte a Bari nel settembre del 1501, la duchessa Isabella e la piccola Bona vennero da subito accompagnate al Castello che si presentò ai loro occhi, da subito, austero. Prima degli Sforza vi avevano dimorato Ruggero II, Guglielmo il Malo, Guglielmo il Buono, Federico II di Svevia e ancora Angioini e Aragonesi. Ben presto Isabella trasformò il castello da fortezza militare a elegante dimora signorile rinascimentale, abbellita e adornata dalle grazie di un’arte squisitamente umanistica, degna delle migliori corti dall’epoca.

Isabella soprelevò le torri maggiori, rafforzò la cinta muraria ed elevò bastoni appuntiti, per facilitarne una eventuale difesa. Fece aprire due ordini di cannoniera, a garanzia del tiro di fuoco, ed ampliare il fossato tutto intorno al Castello.

Le opere di rafforzamento e abbellimento continuarono con Bona, regina di Polonia, anche dopo la morte di Isabella rendendo il Castello parte integrante delle opere di difesa della città costituito dalle porte, dalla cinta muraria e dai quattro Fortini (Sant’Antonio, Torrione del vento, Santa scolastica e San Domenico). La regina Bona fece realizzare, all’interno del Castello, una cappella dedicata a San Stanislao, patrono della Polonia, e i prospetti delle due ali ammodernate nella cui parte superiore è riportata l’iscrizione celebrativa «Bona Sfortia Aragoniae regina Poloniae […] anno domini MDLIV» dove l’anno «1554» sta a indicare l’anno di fine dei lavori nella fortezza. Subito al di sotto di tale iscrizione sono presenti le finestre degli appartamenti che furono di Bona, ormai spogli, ma dei quali è stato possibile ricostruire la raffinatezza delle decorazioni e delle suppellettili, tra i quali ceramiche e vetrerie, emerse nel corso dei lavori sul Castello, ricordo dei ricchi doni inviati da Bona Sforza alla basilica di San Nicola in occasione della nascita del figlio. Gli inventari parlano, tra le altre cose, di preziose oreficerie e di arazzi e tappeti persiani, manufatti che suggeriscono la fattura degli arredi della dimora presente nel Castello.

Isabella, oltre a dedicarsi alla ristrutturazione del castello e alle opere di fortificazione, ordinò la ristrutturazione del Palazzo della Dogana, in piazza Mercantile, che ancora oggi esibisce lo stemma con le armi di Sforza, Visconti e Aragona sopra il portale di ingresso. Isabella allargò i privilegi doganali a tutti i commercianti forestieri consentendo a ben trenta aziende di stabilirsi a Bari. La duchessa frenò inoltre gli illeciti amministrativi, si adoperò perché i baresi ottenessero gratuitamente il sale dalle saline regie e ridusse la pressione dei dazi. La duchessa, sulle cui orme proseguì la figlia Bona, portò a compimento diverse riforme agrarie, migliorando la vita dei contadini, e difese i cittadini baresi nelle controversie nate con le città vicine. Nel 1515, al fine di assicurare stabilità economica, cedette parte delle proprie entrate personali alla città di Bari. Istituì l’insegnamento pubblico prevedendo, tra le altre cose, aumenti di stipendio, alloggi gratuiti e un servitore per ciascun precettore.

Bona, nata per regnare, realizzò un modo di governare innovativo riorganizzando il funzionamento delle cariche pubbliche, l’amministrazione della giustizia ed il sistema fiscale basato sui proventi delle cause civili, penali e commerciali. Tutto ciò allo scopo di incrementare il benessere economico delle città e realizzare opere pubbliche senza mai trascurare le necessità dei poveri e dei bisognosi.

Fu così che Bona, in aggiunta alle due cisterne già esistenti in città, fece costruire una cisterna presso la chiesa di San Domenico e una cisterna, ancora oggi visibile, in una rientranza di strada Ronchi, alle spalle della Cattedrale. Il pozzo, attivo fino alla metà del XX secolo, reca un’epigrafe in latino che recita: Poveri che avete sete, venite con gioia e senza denaro e bevete l’acqua che Bona, regina di Polonia, mise a disposizione.

Nel 1557, un anno dopo il suo ritorno a Bari, Bona Sforza si spense nel Castello dove dimorava. Le sue spoglie sono custodite nel mausoleo posto nell’abside della Basilica di San Nicola, formato da una figura femminile inginocchiata, la Regina Bona, ai cui lati si trovano San Nicola e San Stanislao, commissionato dalla figlia Anna, regina di Polonia dal 1575 al 1586, e realizzato a Napoli tra il il 1589 e il 1595 che includeva anche un ciclo di affreschi rimossi, nella prima metà del XX, durante la stagione dei “Grandi Restauri” (1925 – 1934) per precisa volontà della Commissione di restauro presieduta da Mons. Nitti e ad opera del Prof. Quagliati, sovraintendente all’Arte e alle Antichità delle Puglie. Oggi una dettagliata epigrafe in latino, incisa su marmo nero, e, ai piedi della statua, due allegorie femminili recanti gli stemmi di Sigismondo di Polonia e del ducato di Bari ricordano all’osservatore il rango e i titoli di Bona. L’epigrafe in latino recita: “A Dio Ottimo Massimo. In memoria di Bona, regina di Polonia, – moglie dilettissima di Sigismondo I, potentissimo re di Polonia, granduca di Lituania, Russia, Prussia, Masovia e Samogizia, – duchessa di Bari, principessa di Rossano, la quale, figlia di Gian Galeazzo Sforza, duca di Milano, e di Isabella d’Aragona, illustrò con le sue altissime doti lo splendore della stirpe di Alfonso II re di Napoli nonché la dignità della regia Maestà, questo monumento della pietà pose per la madre amatissima Anna Jagiellona, regina di Polonia, moglie di Stefano I, dopo aver sepolto i re, suo padre, suo fratello e suo marito, e le tre sorelle, fornendo anche la dote per messe perpetue di suffragio nell’anno del Signore 1593. Visse 65 anni, sette mesi e dieci giorni”.