Nel 1507 Isabella ricevette dal re Ferdinando Il Cattolico, in cambio della Contea di Borrello e della Signoria di Rosarno, la giurisdizione criminale dei feudi di Grottaglie e di Ostuni nei casi di: morte naturale, morte civile (o esilio) e mutilazione. Nonostante Isabella avesse cercato di ottenere anche la giurisdizione sui diritti di portolania e sui casi misti il primo diritto le fu negato dai tribunali regi mentre il contenzioso sul secondo fu portato avanti dalla regina Bona in quanto l’estensione della giurisdizione criminale ai piccoli reati avrebbe costituito fonte di notevoli introiti derivanti dall’incasso del ricavato delle multe.

La regina Bona fu sensibile alle richieste della Chiesa locale e alle esigenze dei riti religiosi tanto da concedere al capitolo di Grottaglie la riscossione della franchigia dovuta in relazione al ritiro del vino mosto e, con decreto datato 3 novembre 1538, ad obbligare i fabbri, le cui botteghe si trovavano nei pressi dei luoghi di culto, dall’astenersi dal lavoro nelle ore durante le quali avrebbero potuto arrecare disturbo alle funzioni religiose.

Alla morte della regina Bona Grottaglie, insieme ad Ostuni, ritornò sotto la giurisdizione della Corte di Napoli.