La duchessa Isabella nutrì particolare interesse per Palo del Colle e come la madre così anche la figlia Bona ne difesero gli interessi come, ad esempio, per il diritto di pascolo e di tagliare legna nel confinante territorio di Bitonto la cui vertenza si risolse in favore dei vassalli della regina. Nel 1536, e più precisamente il 19 maggio, alla presenza non solo di autorità locali ma anche di quelle giunte dalla Polonia, la regina Bona restituì ai palesi il Feudo di Auricarro particolarmente adatto per la semina, usurpato in precedenza dalla sua famiglia, con una donazione che viene rievocata ogni anno con un suggestivo corteo storico.

E ancora, nel 1547 impose all’Università di nominare il procuratore per i poveri allo scopo di dare aiuti ai poveri che non possedevano nulla e a quelli che “parevano essere poveri nel giudizio del procuratore”.

La figura della regina Bona è di fondamentale importanza anche per la riorganizzazione agraria di cui se ne conservano ancora oggi i segni tra gli ulivi presenti nell’area di San Pio. Inoltre per suo volere fu fatta decadere la norma che imponeva ai palesi di macinare le olive nei trappeti di proprietà della Corona così che divennero, non solo, liberi di macinare le olive nei trappeti anche fuori città, ma anche di costruirne di propri all’interno del feudo stesso. L’Università ottenne anche la gestione dei mulini presenti sul territorio con il diritto di richiedere un compenso a chi ne richiedeva l’uso.

A Bona si deve, quindi, l’ampliamento della chiesa matrice di Santa Maria della Porta che, eretta in forme romaniche nel XII secolo, nella seconda metà del ‘500 acquisì i tre portali rinascimentali e un notevole altare in lamina d’argento lavorato; la pulizia e riparazione dei fossati attorno al castello; il restauro della residenza del capitano e della sua corte.

Alla morte della regina Bona Palo del Colle passò in mano alla corona di Spagna e nel 1558 fu venduta al viceré di Sicilia García Álvarez de Toledo y Osorio cui, poco prima, era andata anche Modugno.