W okresie panowania Isabelli Aragońskiej i Bony Sforzy, dwóch przedsiębiorczych i dalekowzrocznych kobiet, zarówno w Bari, jak i na pozostałych podporządkowanych im ziemiach, przeprowadzono szereg reform strukturalnych i społecznych, świadczących o ich wyjątkowej otwartości umysłów.

Po przybyciu do Bari, we wrześniu 1501 roku, księżna Isabella i mała Bona udały się bezpośrednio na zamek. Jego surowe wnętrza w przeszłości były świadkami wielu ważnych dla miasta wydarzeń. Na przestrzeni wieków zamek w Bari był siedzibą Ruggero II, Guglielmo il Malo, Guglielmo il Buono, Fryderyka II ze Szwabii oraz Andegawenów i Aragonów. Z czasem Isabella przekształciła zamek z wojskowej fortecy w elegancką renesansową rezydencję – ośrodek rozwoju kultury, na miarę dworów tamtych czasów. Z polecenia Isabelli, celem wzmocnienia ewentualnej obrony zamku, podwyższono główne wieże, umocniono mury, w których wybito dwa rzędy otworów strzelniczych, wzniesiono baszty i poszerzono fosę. Prace kontynuowano za panowania Bony, czyniąc zamek integralną częścią systemu obronnego miasta, składającego się z bram, murów i czterech fortów (Sant’Antonio, Torrione del Vento, Santa Scholastica i San Domenico). Przygotowując zamek na powrót królowej Bony, zamkową kaplicę poświęcono Świętemu Stanisławowi. Odnowiono też część zamku zamieszkiwaną przez królową, do której prowadzą reprezentacyjne schody. Z dziedzińca zamku, na gzymsie na wysokości pierwszego piętra, czytelna jest inskrypcja upamiętniająca ten etap prac: Bona Sfortia Aragoniae regina Poloniae […] anno domini MDLIV, gdzie rok 1554 wskazuje datę zakończenia prac. Bezpośrednio pod tym napisem znajdują się okna mieszkań niegdyś należących do Bony. Niestety oryginalne wyposażenie wnętrz się nie zachowało, ale stała wystawa, urządzona w jednej z sal, pozwala na wyobrażenie sobie wyrafinowanych dekoracji zdobiących królewskie komnaty. Zachowało się również wspomnienie o bogatych darach przesłanych przez Bonę Sforzę do bazyliki Świętego Mikołaja z okazji narodzin jej syna. Inwentarz, odnotowujący drogocenne rękodzieła: wyroby złotnicze, perskie arrasy i dywany, wskazuje na przepych panujący na dworze Bony.

Prace zlecone przez Isabellę obejmowały również przebudowę Palazzo della Dogana, budynku mieszczącego się na Piazza Mercantile, wówczas goszczącego urząd skarbowy. Nad portalem wejściowym widoczne są do dziś herby rodów Sforza, Visconti i Aragona. Isabella uczyniła handel głównym źródłem przychodów królewskiego skarbca. Księżna rozszerzyła przywileje celne na wszystkich zagranicznych kupców, zachęcając lokalnych przedsiębiorców do podejmowania i prowadzenia działalności gospodarczej. Przeprowadzone reformy zapobiegały nadużyciu i obchodzeniu prawa administracyjnego i podatkowego. Obniżono również cła. Mieszkańcy Bari otrzymywali bezpłatną sól z królewskich salin. Ponadto, Isabella wdrożyła na terenie Księstwa pierwsze reformy rolne, kontynuowane później przez Bonę. Rządy obu władczyń uchodziły za sprawiedliwe. W sporach z królewskimi zwierzchnikami lub lokalnymi władzami, chroniły interesów poddanych, jeśli uważały to za słuszne. Isabella, w 1515 roku, w celu zapewnienia stabilności gospodarczej Bari, zrzekła się na rzecz miasta części swoich dochodów osobistych. Ustanowiła też edukację publiczną, zapewniając godziwe wynagrodzenie nauczycielom.

Bona, urodzona by rządzić, stworzyła nowatorski sposób gospodarowania poprzez reorganizację urzędów publicznych, wymiaru sprawiedliwości i systemu finansowego. Wszystko to w celu zwiększenia dobrobytu gospodarczego podlegających jej miast, przeprowadzenia niezbędnych prac użyteczności publicznej i niesienia pomocy ubogim i potrzebującym. W Bari zachował się do dziś ślad po tej działalności Bony. Na tyłach katedry znajduje się studnia wykopana z polecenia Bony, czynna do połowy XX wieku, opatrzona łacińską inskrypcją, nawołującą mieszkańców do korzystania ze źródła: O, ubodzy i spragnieni, przyjdźcie z radością i bez pieniędzy i pijcie wodę, którą udostępniła królowa Polski, Bona.

W 1557 roku, rok po powrocie do Bari, Bona Sforza zmarła na zamku. Jej szczątki zostały złożone w sarkofagu będącego częścią mauzoleum znajdującym się w absydzie bazyliki Świętego Mikołaja. Pomnik z białego i czarnego marmuru jest zwieńczony postacią klęczącej kobiety, królowej Bony. U jej boku stoją Święty Mikołaj oraz Święty Stanisław, a u ich stóp znajdują się dwie alegoryczne postacie kobiece, symbolizujące Rzeczpospolitą oraz Księstwo Bari. Nagrobek Bony Sforzy został wykonany na zamówienie córki Anny, królowej Polski w latach 1575 – 1586 i zbudowany w Neapolu w latach 1589 – 1595. Mauzoleum obejmowało również cykl fresków usuniętych w pierwszej połowie XX. Dziś o randze i tytułach spoczywającej w bazylice władczyni, przypomina łaciński epigraf umieszczony na sarkofagu: Bogu Najlepszemu, Największemu. Ku pamięci Bony, królowej Polski – umiłowanej żony Zygmunta I, przepotężnego króla Polski, wielkiego księcia litewskiego, rosyjskiego, pruskiego, mazowieckiego i żmudzkiego – księżnej Bari, księżnej Rossano, córki Gian Galeazzo Sforzy, ksiecia Mediolanu i Isabelli Aragońskiej, która swoimi najszlachetniejszym cnotami dowiodła świetności rodu Alfonsa II, króla Neapolu, a także godności Królewskiej Mości, pomnik ten, wyraz pobożności, wzniosła swej matce, Anna Jagiellonka, królowa Polski, żona Stefana I, która pochowawszy królów: swego ojca, brata i męża oraz trzy siostry, uiszcza również ofiarę na wieczyste msze wypominkowe w roku Pańskim 1593. Żyła 65 lat, siedem miesięcy i dziesięć dni.