Modugno, drugie z najważniejszych, zaraz po Bari, apulijskich lenn Sforzów, odziedziczone przez królową Bonę w 1524 roku, a przejęte przez Isabellę Aragońską w 1500 roku (razem z Bari i Palo), dażyło szczególnym poważaniem księżną Bari, którego wyrazem był między innymi wkład miasta, w wysokości trzystu dukatów, do posagu przyszłej królowej Polski z okazji jej małżeństwa z królem Zygmuntem I Starym.

Bona, świadoma okazywanego jej szacunku, już w 1518 roku, kiedy to została koronowana na królową Polski, w czasach, gdy prawowitą władczynią Modugno była nadal księżna Isabella, przychylając się do próśb Kapituły, wsparła finansowo renowację kościoła parafialnego pw. Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny (kościół ‘Maria Santissima Annunziata’) wznoszącego się na Piazza del Popolo, najstarszym placu Modugno. Kościół ozdobiony jest renesansową fasadą oraz prezbiterium z okresu gotyku. Z prawej strony kościoła wznosi się majestatyczna dzwonnica, zbudowana w XVI wieku w stylu romańskim, na wzór tej z Palo del Colle. Na placu znajduje się również architektoniczna perełka miasta: Palazzo Pascale – budynek w stylu renesansowym wzniesiony przez Vito Pascale, sekretarza królowej Bony Sforzy. Za swego panowania, królowa Bona nie szczędziła darowizn pieniężnych na rzecz innych kościołów i obiektów użyteczności publicznej. Na rozkaz królowej w pobliżu kościoła Świętego Eligiusza, obecnie pw. Sióstr Świętego Józefa (‘San Giuseppe delle Monacelle’), wybudowano szpital dla ubogich. W pobliżu wspomnianego kościoła, za pozwoleniem królowej, odbywał się również 8-dniowy targ. Tuż za murami, wzdłuż trasy prowadzącej do przyległej miejscowości Carbonara, z nakazu królewskiego, aby przeciwdziałać skutkom suszy, wykopano 60-metrową studnię. Spożywanie czerpanej z niej wody korzystnie wpływało na zdrowie mieszkańców lenna, do tego stopnia, że gdy rozeszły się wieści o jej dobroczynnych właściwościach na pracę jelit i wątroby, ze wspomnianego źródła korzystali również mieszkańcy okolicznych wiosek. Obecnie studnia ta nie jest już widoczna, ponieważ została zakryta żelbetonową płytą podczas budowy drogi łączącej Modugno z Carbonara. W 1522 roku królowa kazała również zbudować system kanałów odwodnieniowych wzdłuż dróg, które odprowadzając nadmiar wody deszczowej zapobiegały rozprzestrzenianiu się epidemii wśród ludu.

Sposób, w jaki damy z rodu Sforzów zarządzały swymi majątkami był szczególnie doceniany przez mieszkańców Modugno. Bona uznawana była za władczynię sprawiedliwą, gdyż wielokrotnie stawała po stronie plebu, w sporach z miejscowymi wysłannikami Korony lub z klerem, nie ustępując żądaniom lokalnych władz czy też duchowieństwa. Kiedy pojawił się problem naruszania granic cudzej nieruchomości przy wypasie zwierząt, królowa nie tylko nakładała karę na właścicieli wypasanej trzody, bez względu na ich status społeczny, nie tylko sprzeciwiała się prośbie miejscowego duchowieństwa żądającego w swoim imieniu obniżenia kary, ale również zarzuciła im brak poszanowania własności prywatnej.

Chociaż w Modugno, po śmierci Isabelli, nie doszło do zamieszek, tak jak w Bari, to moduńczycy nie ukrywali przed Boną swojego niezadowolenia z niektórych aspektów poprzedniej administracji. Przede wszystkim królowa przychyliła się do ich prośby o zakazanie obstawiania wysokich urzędów, w tym kościelnych, osobami niepochodzącymi z Modugno (Kapituła uzasadniła swą prośbę, powołała się na przykład Gian Antonio de Ruggiero, brata królewskiego zwierzchnika w Bari – Giosuè de Ruggiero, mianowanego przez Isabellę arcykapłanem Modugno, który po objęciu urzędu biskupa Ostuni zachował wiele korzyści w Modugno, uzyskanych pod naciskiem i groźbami swojego brata).

Niektóre aspekty królewskiej polityki spotkały się z dezaprobatą urzędników wyższych rangą. Królowa Bona, zdając sobie sprawę, iż po zakazaniu miejscowo urzędującym funkcjonariuszom nakładania i poboru podatków, ci próbowali zrekompensować swe „straty” wtrącając obywateli do aresztu z powodu byle błahostki, zmuszając ich tym samym do uiszczania kaucji i grzywn, nakazała zwolnienie wszystkich niesłusznie uwięzionych.

Bari, stolica Księstwa Sforzów, rościła sobie pretensje do Modugno, drugorzędnego lenna. Jednak, Moduńczycy nie zamierzali podporządkować się jurysdykcji władz stolicy, uznając się za wasala nikogo innego, jak królewskiego majestatu, kierowali swoje skargi bezpośrednio do królowej. Tak też się stało, gdy odmówili współfinansowania rozbudowy miasta Bari, ofiarując w zamian, w wyrazie szacunku dla monarchini, wkład w prace renowacyjne na zamku mającym stać się siedzibą królowej.

Po śmierci królowej, Modugno, Palo, Ostuni i Grottaglie przejęte przez Koronę hiszpańską, zostały wystawione na sprzedaż. Modugno wkrótce zostało przekazane wicekrólowi Sycylii, Don Garzia di Toledo, w zamian za zasługi dla Korony. Niedługo potem przejął on również Palo, kolejne apulijskie feudo Sforzów.