Księstwo Bari obejmowało, oprócz terytoriów przylegających bezpośrednio do Bari, także Ostuni i Villanova, które Isabella nabyła w 1507 roku, w zamian za terytoria kalabryjskie: Borrello i Rosarno.

Na wzór pozostałych podlegających Bonie feud, Ostuni została ufortyfikowana. Okalające ją mury, tak jak wzniesione wzdłuż wybrzeża wieże strażnicze, ze szczytów których wysyłano sygnały dymne ostrzegające o niebezpieczeństwie, miały chronić mieszkańców przed atakami Turków. Do dziś zachowały się nie tylko fragmenty murów obronnych, ale też niektóre z wież, jak choćby Torre Pozzelle, Torre del Pilone i Torre di Villanova.

Dzięki wsparciu królowej Bony, w Ostuni prężnie rozwijał się handel. Zwolnienie z opłat targowych kupców przybywających z Mediolanu, zachęciło ich do importowania cennej oliwy z oliwek, a przystań w Villanova szybko stała się sprawnie działającym portem handlowym, obsługującym przede wszystkim żaglowce przypływające z północy.

Królowa Bona, jeszcze z dalekiego Krakowa, żywo interesowała się posiadanymi włościami. Po powrocie do Apulii, część swego czasu spędzała na wizytacjach podległych jej terytoriów. W 1556 roku odwiedziła, między innymi, Ostuni. Królowa prawdopodobnie zatrzymała się w swej rezydencji przylegającej do katedry. Siedziba królewska gościła również urzędującego biskupa i na przestrzeni wieków, władze kościelne zagarnęły budynek. Dlatego też, w 1560 roku, na miejscu budynku goszczącego rezydencję królewską, wzniesiono Pałac Biskupi, który z kolei, w XVIII wieku, ustąpił miejsca obecnej konstrukcji. Nad drzwiami wejściowymi do budynku nadal widoczny jest herb z symbolami mediolańskiego rodu Sforza i neapolitańskiego rodu Aragona, uwieńczony łacińską inskrypcją nawiązującą do widocznego w herbie orła: ‘Chronię się pod cień Twoich skrzydeł’.

Tymczasem, w 1557 roku, na krótko przed śmiercią, królowa Bona nakazała lokalnym władzom rozdanie wśród ubogich czterech ton pszenicy ku czci Matki Bożej.

Po śmierci królowej Bony, Ostuni i Villanova wróciły pod jurysdykcję Neapolu.